普遍而言，各界對於大學自主化發展，都抱持肯定態度。
　　像是前空大校長劉水深教授指出自主化有三項優點，首先是快速因應環境，很多競爭是靠速度、創新，需要校內不同學院整合能力，並隨著環境變化快速調整；其次是彈性更大，也更符合學校實際需求，目前大學的預算是前一年編定，從開始執行到年底結案又為期一年，無法因應環境的瞬息萬變。第三，比較能夠切合學校的實際需要。
　　先前教育部還沒鬆手讓公立大學完全自主，卻又因為沒有人力和時間，去了解每所大學的個別需要，結果到後來各校特色雷同，也讓臺灣的大學過去被笑稱是「教育部大學」。

立場相左的疑慮
　　雖然公立大學自主化發展，是目前國內高等教育的共識，可是對如何執行，卻有不同的聲音，甚至因為對執行策略有所疑慮，而產生反對聲浪。
　　儘管自主化有其優點，在臺灣目前的教育系統下也難免會有問題產生，劉水深教授認為自主化後，有被少數人左右和內部拒絕變革兩大疑慮。當學校需要很大變革的時候，難免會有希望現狀繼續保持的人存在，尤其當學校未來發展方向和現任的教授或教職員意向和看法不同時，抗拒就會持續。
　　臺灣高等教育產業工會理事，也是國立中正大學助理教授陳尚志，就是校園裡對目前大學自治化執行策略的反對聲音之一。
　　他以目前由成大和金門大學試辦的「國立大學自主治理方案」為例，他認為，教育部同意成大自主的部分有五項，包括學費自主、招生名額、開設系所、員額和薪資多少等，問題是教育部「不管」的這五項，在目前除屬於教育部權責，還有立法院可以監督、課責，現在藉由自主治理方案，把學費、招生、系所等問題放手不管，卻不見課責機制。
　　對此，賴明詔院士的擔心卻是有所不同。他指出，學校在自主化的同時，也要面對不少問題，諸如營運問題，大學在自主化後，教育部既然放鬆管制，支援是否也會相對減少，這是學校方面最大的疑慮，社會上也會產生教育部若無法介入如何監督學校？學校內部老師則會擔心權益、福利喪失，像大學教師都算是公務人員身分，會不會因為自主化而喪失？

正面思考的解決配套
　　其實兩造不同的擔心，都是方案推動之前的良性討論，只因立場各有不同，而產生意見相左的看法。外界認為，自主方案讓大學只享受國家補助經費的權利，而少掉被監督的義務；大學則是擔心推動之後，學校原有的國家支援會減少。
　　賴明詔院士也為此提出積極配套的想法。他認為，大學自主化必須要有一個機制，就是在自主化精神下，必須組成一個公正客觀的自主自律委員會，成員含括社會各階層公正人士、校友、老師，而這個委員會必須有充分的權責，有權監督學校行政方向。
　　在監督課責和自主並進的情況下，自然可以讓大學自主化發展得到更好的養份。
　　劉水深教授則認為，學校的發展走向應該配合國家的教育政策，所以自主化後成立的法人董事會中，一定要有可以代表國家教育政策走向發言的代表，在權責對稱下，不應該變成有權無責，或有責無權，要更多的權就要負擔更大的責任，像校長做不好就認錯下台，教育部管的是政策大方向，而學校要求更多經費就要達到一定績效目標。
　　從第三者角度觀察的劉水深教授還指出，大學都有能力分辨是非，只是牽涉到既得利益問題，才使問題複雜化，只要學校運作制度化確立，就不會有要自主卻又不自立的情況，若是在制度不夠健全下談自主才會產生問題。

自主和監督並進
　　由於，大學自主化發展，在臺灣僅是開端，各界可以掌握的資訊，甚至是推動成功的案例，目前也尚未有顯著的例子。外界對於成大啟動試辦的「國立大學自主治理方案」，正要開始的工作執行方法，有諸多質疑，像是陳尚志助理教授，甚至直接說這個方案當中的「自主化就是法人化」，他一直擔心推動這個方案之後，教育部只能給予公立大學經費，卻無法管理、監督大學。
　　賴明詔院士也分享美國大學的例子。他說，美國的大學沒有教育部管，各有獨立自主的董事會，也都發展得很好，可見大學要發展，跟有沒有教育部管制沒有關係。但日本幾年前國立大學法人化後，政府對大學支援愈來愈少，而且教師也變成非公務人員，「這是不對的」，大學自主化後，政府支援不該減少，這是很重要的條件；其次，目前教職員的公務人員身分也不會改變，不會損害公立大學校園內職員的權益。
　　對此，劉水深教授也提出更明確的兩大策略，第一是健全運作組織，尤其是內部的控制和稽核，讓每個人都有一定的權與責，同時在組織運作過程中有一個監控系統；其次是法人化的董事會，以超然的態度，根據學校的未來發展進行調整和規劃。
　　目前，大學治理中「用人」與「用錢」，受到舊的法規重重限制，為人所詬病，因此建構一套專業的治理體制，賦予大學組織自主、財會自主、人事自主，並使各大學建立自主管理，取代政府的單向監督管理，讓大學能夠取得發展的空間，是各界都必須面對的問題。